Île de la Cité được xem như cái nôi của Paris. Khoảng năm 200 TCN, khi những thành phố lớn phía phía Đông như Alexandria, Babylone đã có cả nghìn năm thì những ngư dân người Parisii thuộc bộ tộc Gaulois mới chỉ dựng lều trên các đảo của sông Seine. Là vùng đất màu mỡ phì nhiêu, nhiều thú rừng và cá, người Parisii nhanh chóng biến nơi đây từ một làng thành thành phố nhỏ. Cho tới năm 52 TCN, quân đội của Julius Caesar tới đánh chiếm vùng này và đổi tên thành Lutetia. Tuy vậy không biết rõ thành của người Gaulois trước đó có nằm trên Île de la Cité hay không.

Vào năm 506, khi Clovis I lấy Paris làm thủ đô của mình thì Île de la Cité là trung tâm của thành phố. Thời kỳ Trung Cổ, tại hòn đảo này mọc lên những công trình tôn giáo quan trọng: Sainte Chapelle do vua Saint Louis xây dựng, rồi tiếp đó tới nhà thờ Đức Bà. Giao thông giữa Île de la Cité và bờ khi ấy là các cây cầu bằng gỗ. Vào những năm sông Seine lụt, các cây cầu bị quấn đi và dân cư phải dùng thuyền để đi lại.

Tới thế kỷ 16, dưới thời Henri III, khu vực phía Tây của đảo được bố trí lại, chính là vị trí quảng trường Dauphine ngày nay. Đây cũng là địa điểm nhà tu dòng Đền Jacques de Molay bị thiêu vào ngày 19 tháng 3 năm 1314. Henri IV cho xây dựng ở đây một cung điện hoàng gia vào năm 1607. Vị trí của quảng trường Dauphine trở thành một trong những nơi náo nhiệt nhất thành phố. Đó cũng là điểm mà Pont Neuf, cây cầu bằng đá đầu tiên của thành phố, nối vào khi được bắc qua sông Seine.

Tới ngày này, mặc dù là trung tâm thành phố, Île de la Cité vẫn mang bộ mặt có từ thế kỷ 19 với các công trình cổ, những đường phố hẹp và quanh co.